علی یونسی برنده مدال طلای المپیاد جهانی نجوم در سال نود و شش به همراه امیرحسین مرادی دانشجوی فیزیک و برنده مدال نقره المپیاد نجوم پس از ضرب وشتم شدید توسط مأموران در روز بیست و دوم فروردین بازداشت شدند
به گفته آیدا یونسی، خواهرعلی یونسی پرونده برادرش در اختیار ماموران وزارت اطلاعات است و این ماموران با وجود این که هنوز دادگاهی تشکیل نشده است ، به علی یونسی گفته‌اند: ما تصمیم می‌گیریم که قاضی چه حکمی بدهد و اگر بخواهیم حکم صادره، حکم اعدام است، مگر اینکه مصاحبه کنید
غلامحسین اسماعیلی، سخنگوی قوه قضائیه جمهوری اسلامی اتهام آنان را ارتباط با گروه‌های ضد انقلاب و به ویژه سازمان مجاهدین خلق اعلام کرده است
خانواده علی یونسی با رد این اتهامات آنان را واهی و بدون پایه و اساس خواندند و با اشاره به سابقه قوه قضائیه در شکنجه روحی و جسمی و اعتراف‌گیری اجباری و فشار به خانواده‌ها نسبت به صحت این اعترافات در تلویزیون ابراز نگرانی کردند
با گذشت ۱۵۰ روز از بازداشت امیرحسین مرادی و علی یونسی آنان از حق دیدار با خانواده خود محروم شده‌اند و حق دسترسی به وکیل انتخابی هم ندارند. این در حالی است که سازمان عفو بین‌الملل پیش‌تر در بیانیه‌ای، نسبت به احتمال شکنجه علی یونسی در زندان هشدار داده بود
